Το υψηλότερο κόστος ανά έτος και ανά φοιτητή παρουσιάζουν το Ε.Μ.Πολυτεχνείο και το Γεωπονικό Πανεπιστήμιο, σύμφωνα με τη μελέτη της Αρχής Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (ΑΔΙΠ). Ενδιαφέρον παρουσιάζει το γεγονός ότι υπάρχει μεγάλη διαφορά κόστους ανάμεσα σε ίδια ιδρύματα, όπως για παράδειγμα ανάμεσα στο ΕΜΠ, με μέσο ετήσιο κόστος ανά φοιτητή 11.841 ευρώ, και το Πολυτεχνείο Κρήτης, με 6.332 ευρώ. 

Το μέσο ετήσιο κόστος ανά φοιτητή στο Αριστοτέλειο Θεσσαλονίκης είναι 6.203 ευρώ, στο πανεπιστήμιο Πατρών 4.156, στο πανεπιστήμιο Θεσσαλίας 5.436 και στο Δημοκρίτειο Θράκης 3.127 ευρώ. Στις ιατρικές σχολές τα κόστη είναι εξής: (Πανεπιστήμιο Αθηνών 6.960, Ιωαννίνων 3.667, Κρήτης 3.940) ενώστα πανεπιστήμια που δεν περιλαμβάνουν πολυτεχνικές-ιατρικές σχολές είναι:  το Πανεπιστήμιο Αιγαίου 2.519, Ιόνιο 4.091 και Πελοποννήσου 2.346.

Στο Οικονομικό Πανεπιστήμιο Αθηνών το μέσο ετήσιο κόστος ανά φοιτητή είναι 3.309 ευρώ, στο Γεωπονικό 9.037, στο Πάντειο 3.297, στο Πανεπιστήμιο Πειραιά 2.486, στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας 3.882 και στο Χαροκόπειο Αθηνών 7.504. Στην Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών το μέσο ετήσιο κόστος ανά φοιτητή είναι 10.242 ευρώ.

Tο ΕΜΠ (με 9 τμήματα) το 2009 είχε μισθοδοσία 60.183.141 ευρώ, μισθοδοσία έκτακτου προσωπικού 500.000 και λειτουργικές δαπάνες (εκτός σίτισης και συγγραμμάτων) 10.400.000 ευρώ. Το 2011 η μισθοδοσία ήταν 58.599.090, η μισθοδοσία έκτακτου προσωπικού 260.000 και οι λειτουργικές δαπάνες 6.150.000

Στο Αριστοτέλειο Θεσσαλονίκης (με 40 τμήματα) το 2009 είχε μισθοδοσία 189.006.217, μισθοδοσία έκτακτου προσωπικού 2.000.000 και λειτουργικές δαπάνες 44.700.000. Το 2011 η μισθοδοσία ήταν 126.628.971, η μισθοδοσία έκτακτου προσωπικού 900.000 και οι λειτουργικές δαπάνες 29.500.000 ευρώ.