Με τo Προεδρικό Διάταγμα 85/2012, που εκδόθηκε την Πέμπτη 21 Ιουνίου, προσδιορίζονται οι νέες αρμοδιότητες του υπουργείου Ναυτιλίας το οποίο συστάθηκε εκ νέου, έπειτα και από πάγιο σχετικό αίτημα του ναυτιλιακού κόσμου.
Βάσει του παραπάνω Προεδρικού Διατάγματος, η Γενική Γραμματεία Ασφάλειας Ναυσιπλοΐας καθώς λοιπόν και το Λιμενικό Σώμα, που υπαγόταν στο παλαιό υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, επιστρέφουν στο νεοσυσταθέν υπουργείο Ναυτιλίας.

Οι τρεις γενικές γραμματείες, δηλαδή εκείνες της Ναυτιλίας, του Αιγαίου και των Λιμένων παραμένουν στο υπουργείο Ναυτιλίας.

Χρειάζεται να διευκρινιστεί ότι καθώς η Γενική Διεύθυνση Αλιείας και το Επιχειρησιακό Πρόγραμμα Αλιείας, που παλαιότερα εποπτεύονταν από τον υπουργό Ναυτιλίας, έχουν παραμείνει στο πρώην υπουργείο Ανάπτυξης - Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας, εκκρεμεί η διευθέτηση του ζητήματος. Πληροφορίες αναφέρουν ότι αυτή θα συμβεί σύντομα.

Πιο αναλυτικά, με το άρθρο 5 του Π.Δ. 85/2012 «ιδρύεται Υπουργείο Ναυτιλίας, το οποίο συγκροτείται από:

 α) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν με τα π.δ.184/2009 (Α΄ 213), 189/2009, 50/2010 (Α΄89) και 127/2010 (Α΄ 214) στο πρώην Υπουργείο Προστασίας του Πολίτη, όπως αυτές έχουν διαμορφωθεί κατά την έκδοση του παρόντος, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που αυτές επόπτευαν.

β) τις υπηρεσίες που ανήκαν στο πρώην Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, Αιγαίου και Νησιωτικής Πολιτικής και μεταφέρθηκαν στο πρώην Υπουργείο Ανάπτυξης, Ανταγωνιστικότητας και Ναυτιλίας με τα π.δ. 185/2009 (Α΄ 213), 189/2009 (άρθρο 4 παρ. 4), 50/2010 (άρθρο 1 περίπτ, α΄) και 65/2011 (άρθρο 4), όπως αυτές έχουν διαμορφωθεί κατά την έκδοση του παρόντος, με τις αρμοδιότητες, όργανα, θέσεις και προσωπικό τους και τους φορείς που αυτές επόπτευαν».