Μία ιδιότυπη κόντρα ξέσπασε για τα φωνήεντα της ελληνικής γλώσσας, με αφορμή καταγγελία δασκάλων από την Ανατολική Αττική ότι στο νέο βιβλίο Νέα Ελληνική Γραμματική της Ε' και ΣΤ' Δημοτικού «καταργήθηκαν» τα γράμματα «η» και το «ω» και αντικαταστάθηκαν από το «ου».   Το συγκεκριμένο βιβλίο προκηρύχθηκε το 2003. Το 2005 η συγγραφή του ανατέθηκε στη συγγραφική ομάδα: Ειρήνη Φιλιππάκη - Warburton, Μιχάλης Γιωργιαφέντης, Γεώργιος Κότζογλου, Μαργαρίτα Λουκά, ενώ εγκρίθηκε από το συντονιστικό συμβούλιο του Παιδαγωγικού Ινστιτούτου το 2008.  

Κατά τα φαινόμενα, και όπως εξηγούν οι αρμόδιοι φορείς του υπουργείου Παιδείας σε σχετική ανακοίνωση, η σύγχυση που δημιουργήθηκε αφορά την διαφορά μεταξύ φωνητικής και γραπτής διδασκαλίας της γραμματικής.

Σύμφωνα με το in.gr, ο Πρόεδρος του Κέντρου Ελληνικής Γλώσσας, Ι.Καζάζης, το οποίο αποτελεί τον κατά τον νόμο επιστημονικό σύμβουλο του υπουργείου Παιδείας, σημειώνει χαρακτηριστικά τα εξής:  

Πρώτον, «τα γράμματα της ελληνικής αλφαβήτου, τα οποία χρησιμοποιούμε στον γραπτό λόγο είναι εικοσιτέσσερα (24). Επομένως κανένα γράμμα δεν αφαιρείται ούτε παραλείπεται στο διδασκόμενο σχολικό εγχειρίδιο».  

Δεύτερον, «Οι φθόγγοι (ή ήχοι) που χρησιμοποιούνται στον προφορικό λόγο διακρίνονται σε φωνήεντα και σύμφωνα.
Όπως διδάσκει ομόφωνα η επιστήμη της γλωσσολογίας (από τη μεγάλη ή «κρατική» Γραμματική Τριανταφυλλίδη του 1940 ως εκείνη των Κλαίρη -Μπαμπινιώτη του 2011), τα φωνήεντα, δηλαδή οι φωνηεντικοί φθόγγοι, είναι πέντε (5) (a, e, i, o, u), ενώ τα γράμματα, δηλαδή η γραπτή απόδοσή τους, είναι δώδεκα (12): επτά μονά γράμματα (α, ε, ι, η, υ, ο, ω) και πέντε διγράμματα: τα ει, οι, υι (για τη γραπτή απόδοση του φθόγγου /i/), το αι (για την απόδοση του /e/), και το ου (για τη γραπτή απόδοση του /u/)».  

Τρίτον, «σε πολύ παλαιότερες -προεπιστημονικές-- σχολικές γραμματικές συγχέονταν οι φθόγγοι (ό,τι προφέρουμε) με τα γράμματα (ό,τι γράφουμε). Αντίθετα, στην εν χρήσει σχολική «Νέα Ελληνική Γραμματική της Ε' και ΣΤ' Δημοτικού», και η επιστημονική διάκριση ακουόμενων ήχων και γραφόμενων συμβόλων παρουσιάζεται με απλότητα και ακρίβεια, και η άσκηση των μαθητών στην ορθή γραφή είναι συστηματική και αναλυτική μέσα από σαφείς και κατάλληλες ασκήσεις.   

Εδώ και η παραδοσιακή ιστορική ορθογραφία τηρείται (αυτή που επιβάλλει την ποιοτική και την αριθμητική διάκριση 'φθόγγων' και 'γραμμάτων') και η επιστημονική αλήθεια εκφράζεται στο ακέραιο».  
Τέταρτον, «η επιστημονική ορθότητα αποτελεί τη μόνη βάση τόσο για την ορθή εκπαίδευση των Ελλήνων μαθητών, όσο και για την προάσπιση της Ελληνικής Γλώσσας.»  

Στο θέμα παρενέβη και ο καθηγητής γλωσσολογίας και πρώην υπουργός Παιδείας Γ. Μπαμπινιώτης.  

«Προσοχή! Είναι κρίμα -αν όχι ντροπή- να ξαναγυρίσουμε σήμερα στον 21ο αιώνα στα λάθη, δηλαδή στη σύγχυση φθόγγων και γραμμάτων ή, αλλιώς, στη σύγχυση προφοράς και γραφής, που γίνονταν στις παλαιότερες γραμματικές. Έχουμε τόσα άλλα προβλήματα να αντιμετωπίσουμε» καταλήγει ο καθηγητής γλωσσολογίας.