Κατακόρυφη αύξηση 72% σημειώθηκε στις εισπράξεις προστίμων που επέβαλλε ο ΕΦΕΤ σε επιχειρήσεις τη διετία 2011-2012. Ο Οργανισμός πραγματοποίησε 18.967 ελέγχους και διαπίστωσε 3.461 περιπτώσεις παραβατικότητας σε 1.179 επιχειρήσεις.  
Ειδικότερα, κατά τη διετία 2011 και 2012, επιβλήθηκαν πρόστιμα άνω των 7 εκατ. ευρώ σε 1.100 περίπου επιχειρήσεις. Το 2012 εισπράχθηκαν πρόστιμα ύψους άνω των 3,1 εκατ. ευρώ, όταν κατά το 2011 οι σχετικές εισπράξεις αντιστοιχούσαν σε 1,8 εκατ. ευρώ (άνοδος 72%).  

Κατά το παραπάνω διάστημα τέθηκαν σε λειτουργία δύο νέα εργαστηρία του ΕΦΕΤ σε Αθήνα και Θεσσαλονίκη, εκπονήθηκαν διατροφικές έρευνες και εκπαιδευτικά προγράμματα, καθώς και σειρά άλλων ενεργειών, όπως η ανάπτυξη αυτοματοποιημένων εφαρμογών, η θέση σε λειτουργία νέας γραμμής επικοινωνίας για τους πολίτες - καταναλωτές και πλειάδα παρεμβάσεων που είχαν ως αποτέλεσμα την εδραίωση του ΕΦΕΤ, ως βασικού πυλώνα για την προστασία της δημόσιας υγείας και τη διαμόρφωση διατροφικής πολιτικής στην Ελλάδα.  

«Επιθυμώ να ευχαριστήσω από καρδιάς όλες και όλους του εργαζομένους στον ΕΦΕΤ, το άρτια καταρτισμένο επιστημονικό του προσωπικό σε ολόκληρη την Ελλάδα, που στο διάστημα της θητείας μου εργάστηκε με επιμονή και αφοσίωση για να πετύχει ο ΕΦΕΤ τους στόχους του. Ο ΕΦΕΤ, όπως και κάθε δημόσιος οργανισμός οφείλει και πρέπει να ασκεί τις αρμοδιότητές του πέρα και έξω από κόμματα και μηχανισμούς, πρότασή μου προς την κυβέρνηση είναι ο ΕΦΕΤ να αποκτήσει αυτονομία και η επιλογή του προέδρου να γίνεται από τη Βουλή των Ελλήνων με διευρυμένη πλειοψηφία και πενταετή θητεία» είπε ο πρόεδρος του ΕΦΕΤ Γιάννης Μίχας.