Δεν αντιμετωπίζει το υπουργείο Εθνικής Άμυνας θέμα εξίσωσης της εναλλακτικής υπηρεσίας των αντιρρησιών συνείδησης με τη στρατιωτική θητεία, καθώς όπως αναφέρει, σε έγγραφό του που διαβιβάστηκε στη Βουλή, ο αρμόδιος υπουργός Πάνος Μπεγλίτης, «η εναλλακτική υπηρεσία είναι λιγότερο επαχθής από την ένοπλη και με βάση την αρχή της αναλογικής ισότητας δικαιολογείται η μεγαλύτερη χρονική διάρκεια της». Το έγγραφο διαβιβάστηκε προς απάντηση ερώτησης των βουλευτών του ΣΥΡΙΖΑ Ηρούς Διώτη και Θοδωρή Δρίτσα που είχαν καλέσει το υπουργείο να απαντήσει αν προτίθεται να εξισώσει τη διάρκεια της στρατιωτικής θητείας με την εναλλακτική ώστε να μην αποτελεί η εναλλακτική θητεία διάκριση και τιμωρία. Οι δύο βουλευτές έχουν επίσης ζητήσει να ενημερωθούν αν εξετάζεται η πιθανότητα άσκησης της στρατιωτικής θητείας επισημαίνοντας ότι «από τις 27 χώρες της ΕΕ μόνο η Ελλάδα και άλλες πέντε χώρες (Αυστρία, Δανία, Εσθονία, Κύπρος, Φινλανδία) εξακολουθούν να διατηρούν την υποχρεωτική στράτευση» και ότι «μόνο στην Ελλάδα εξετάζονται σενάρια αύξησης της θητείας αντί για σχέδια για τη μείωση ή την κατάργησή της».

Στην απάντησή του, ο υπουργός ξεκαθαρίζει ότι «δεν έχει ληφθεί καμία απόφαση περί αύξησης της στρατιωτικής θητείας και δεν πρόκειται να ληφθεί, εάν δεν ολοκληρωθεί με συντεταγμένο και σοβαρό τρόπο η διαδικασία της ανασυγκρότησης και της νέας δομής δυνάμεων καθώς και η αξιολόγηση των αναγκών εθνικής άμυνας''. Ο κ. Μπεγλίτης προσθέτει δε ότι ''το ζήτημα της στρατιωτικής θητείας που κρίνεται εξαιρετικά σοβαρό, εξετάζεται λεπτομερώς και οι οριστικές αποφάσεις για την ορθολογική αντιμετώπιση υπαρκτών προβλημάτων θα ληφθούν με σοβαρότητα και ευθύνη και χωρίς καμία βιασύνη».

Οι βουλευτές του ΣΥΡΙΖΑ είχαν ζητήσει από το υπουργείο να διαβιβάσει στη Βουλή στοιχεία για τις αιτήσεις αντιρρησιών συνείδησης που έχουν υποβληθεί τα τελευταία πέντε έτη και πόσες έχουν απορριφθεί. Όπως προκύπτει από τα στοιχεία που παραθέτει ο κ. Μπεγλίτης, το 2007 υποβλήθηκαν 178 αιτήσεις εκ των οποίων απορρίφθηκαν δύο αιτήσεις για ιδεολογικούς λόγους, το 2008 υποβλήθηκαν 112 αιτήσεις εκ των οποίων απορρίφθηκε μία αίτηση για ιδεολογικούς λόγους, το 2009 υποβλήθηκαν 170 αιτήσεις εκ των οποίων απορρίφθηκαν 3 αιτήσεις για ιδεολογικούς λόγους και δύο για θρησκευτικούς, το 2010 υποβλήθηκαν 103 αιτήσεις εκ των οποίων απορρίφθηκε μία αίτηση για ιδεολογικούς λόγους και μία για θρησκευτικούς λόγους και το 2011 υποβλήθηκαν 131 αιτήσεις εκ των οποίων δύο απορρίφθηκαν για ιδεολογικούς και τέσσερις για θρησκευτικούς λόγους.