Εκκρεμείς πράξεις επιβολής προστίμων που προέκυψαν από τον φορολογικό έλεγχο και αφορούν επιχειρήσεις που υπάγονται στη ΔΟΥ μεγάλων επιχειρήσεων μεταφέρονται στη ΔΟΥ αυτή μετά την έναρξη της λειτουργίας της ( στις 10 Οκτωβρίου 2011) προκειμένου να οριστικοποιηθούν και να κινηθούν οι σχετικές διαδικασίες. Αυτό προβλέπεται σε απόφαση του αναπληρωτή υπουργού Οικονομικών Παντελή Οικονόμου, στην οποία προβλέπεται επίσης ότι το ίδιο ισχύει και για υποθέσεις επιχειρήσεων που επίσης υπάγονται στη ΔΟΥ αυτή για τις οποίες έχει ήδη αρχίσει ο έλεγχος από τις αρμόδιες ελεγκτικές υπηρεσίες και δεν έχει ολοκληρωθεί. 

Επίσης κατά τον ίδιο τρόπο θα αντιμετωπισθούν και οι υποθέσεις αρμοδιότητας της Δ.Ο.Υ. Φ. Α. Β. Ε. Αθηνών, η οποία από την ημερομηνία έναρξης λειτουργίας της Δ.Ο.Υ. Μεγάλων Επιχειρήσεων καταργείται.