Στην κατηγορία των λιμνών της Ελλάδας που βρίσκονται στο... κόκκινο, πέρασε πλέον η Κάρλα, τέσσερα μόλις χρόνια μετά την επανασύστασή της κι ενώ έχει μεταβάλει εξ ολοκλήρου τη ζωή των κατοίκων στους γύρω οικισμούς και το περιβάλλον.  Τα αποτελέσματα των μετρήσεων που παρουσιάστηκαν από τον Φορέα Διαχείρισης Περιοχής Οικοανάπτυξης Κάρλας, Μαυροβουνίου, Κεφαλόβρυσου, Βελεστίνου στο 1ο Περιβαλλοντικό Συνέδριο Θεσσαλίας, το οποίο πραγματοποιήθηκε πριν από λίγες μέρες στη Σκιάθο, δείχνουν ότι «οι συνθήκες στη λίμνη Κάρλα είναι ευτροφικές/υπερτροφικές, με σημαντικότερη ίσως την ένδειξη της συχνής παρουσίας και παραμονής τοξικών ειδών κυανοβακτηρίων».  

Όπως αναφέρει η Καθημερινή, οι ανθρωπογενείς πιέσεις που ασκούνται στο νεοσύστατο οικοσύστημα της Κάρλας είναι η αιτία για την εξίσου γρήγορη υποβάθμισή του. Η στάθμη των νερών του ταμιευτήρα έφτασε φέτος στο προβλεπόμενο ύψος, αλλά η ρύπανση έχει προηγηθεί.

Λιπάσματα και φυτοφάρμακα από τις γεωργικές δραστηριότητες πέριξ της λίμνης, απόβλητα κτηνοτροφικών και βιομηχανικών μονάδων (κυρίως τροφίμων), απουσία εγκαταστάσεων επεξεργασίας λυμάτων στους οικισμούς, συνθέτουν τις πηγές ρύπανσης της λίμνης.