Συνεχείς ελέγχους κατά προτεραιότητα στον Πηνειό ποταμό διενεργεί η Ειδική Υπηρεσία Επιθεωρητών Περιβάλλοντος, και συγκεκριμένα σε δραστηριότητες της περιοχής, με βασικό στόχο τη συμμόρφωση των παραβατών, προκειμένου να συμβάλλει στο μέτρο των αρμοδιοτήτων και δυνατοτήτων της, στην ελαχιστοποίηση των επιπτώσεων επί ποσοτικών και ποιοτικών χαρακτηριστικών των νερών του ποταμού Πηνειού και των παραποτάμων του.

Με έγγραφο του που διαβιβάστηκε στη Βουλή ο υφυπουργός Περιβάλλοντος, Ενέργειας και Κλιματικής Αλλαγής Θάνος Μωραΐτης, αναφέρει ότι για τη λεκάνη απορροής του Πηνειού εκπονείται μελέτη με τίτλο "Κατάρτιση σχεδίων διαχείρισης των Λεκανών Απορροής Ποταμών των Υδατικών Διαμερισμάτων Θεσσαλίας, Ηπείρου και Δυτικής Στερεάς Ελλάδας", σύμφωνα με τις προδιαγραφές κοινοτικής οδηγίας. Τα σχέδια διαχείρισης θα αντιμετωπίσουν συνολικά και συστηματικά το πρόβλημα της ορθολογικής διαχείρισης και προστασίας υδατικών πόρων της περιοχής.

Ο Πηνειός δέχεται πιέσεις από όλα τα είδη δραστηριοτήτων που αναπτύσσονται στους νομούς Τρικάλων, Καρδίτσας και Λάρισας. Το μεγαλύτερό του πρόβλημα είναι η μεγάλη μείωση της παροχής του κατά τους θερινούς μήνες (ορισμένες φορές είναι χωρίς ροή), με αποτέλεσμα τη σημαντική επιβάρυνση της ποιότητας των νερών του.

"Χωματερή" της Θεσσαλίας έχει χαρακτηρίσει τον Πηνειό ο βουλευτής της ΝΔ Μάξιμος Χαρακόπουλος, ο οποίος και κατέθεσε ερώτηση στη Βουλή. Ο βουλευτής επικαλέστηκε πρόσφατη μελέτη του Τμήματος Πολιτικών Μηχανικών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας, σύμφωνα με την οποία, "οι συγκεντρώσεις νιτρικών και φωσφορικών υπερβαίνουν κατά πολύ το ανώτατο όριο και σε συνδυασμό με τις μεγάλες συγκεντρώσεις κολοβακτηριοειδών αποδεικνύουν ότι ο Πηνειός έχει μολυνθεί ανεπανόρθωτα".