Αρνήθηκε κατηγορηματικά το Βατικανό τις κατηγορίες ορισμένων επικριτών στην Αργεντινή ότι ο πάπας Φραγκίσκος είχε παραμείνει σιωπηλός στη διάρκεια των συστηματικών παραβιάσεων των ανθρωπίνων δικαιωμάτων από την χούντα, έχοντας διασυνδέσεις με τον δικτάτορα Βιδέλα.
Ο εκπρόσωπος του Βατικανού πατήρ Φεντερίκο Λομπάρντι δήλωσε προς τους δημοσιογράφους σχετικά με τις κατηγορίες: «Πρέπει να απορριφθούν ξεκάθαρα και σταθερά». Πρόσθεσε πως οι κατηγορίες αυτές «αποκαλύπτουν αντικληρικά αριστερά στοιχεία που είναι συνηθισμένα να επιτίθενται στην Εκκλησία».

Επικριτές του Χόρχε Μπεργκόλιο, του πρώην αρχιεπισκόπου του Μπουένος Άιρες, υποστηρίζουν πως νωρίτερα στην καριέρα του, στη διάρκεια του «βρώμικου πολέμου» που διήρκεσε από το 1976 ως το 1983, δεν είχε προστατεύσει ιερείς οι οποίοι αμφισβήτησαν τη δικτατορία και έχει πει πολύ λίγα για τη συνέργεια της Εκκλησίας στη διάρκεια της στρατιωτικής δικτατορίας.

Ο πατήρ Λομπάρντι δήλωσε επίσης πως ο πάπας Φραγκίσκος είπε στους αργεντινούς συμπατριώτες του να μην μεταβούν στη Ρώμη για την ενθρόνισή του την ερχόμενη εβδομάδα, αλλά να δωρίσουν τα χρήματα που θα ξόδευαν για το ταξίδι αυτό σε φιλανθρωπίες.

Ο πάπας Φραγκίσκος τηλεφώνησε στον πρεσβευτή του Βατικανού στο Μπουένος Άιρες και του ζήτησε να πει στους πιστούς εκεί ότι «δεν είναι ανάγκη να κάνουν ένα πολύ μακρύ και δαπανηρό ταξίδι στη Ρώμη» και αντί γι' αυτό θα πρέπει «να κάνουν μια προσφορά ή μια χειρονομία αλληλεγγύης προς τους φτωχού», δήλωσε ο Λομπάρντι.